Если при попытке запустить службу MySQL выведена такая ошибка, прежде всего следует уточнить подробную информацию. Ее можно взять из системного журнала Windows:

"Управление компьютером -> Просмотр событий -> Журналы Windows - > Приложение"  и ищем ошибку в списке.

Как правило, ошибок идет несколько подряд, и текст ошибок следующий:

Plugin 'FEDERATED' is disabled.

Plugin 'InnoDB' init function returned error.

Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.

Unknown/unsupported storage engine: INNODB

В таком случае следует, прежде всего, открыть файл my.ini (располагается, как правило, в директории C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ ), найти параметр innodb_log_file_size  и проверить его значение. Как правило, это от 10 до 300 М и не должно быть слишком большим (например, 3G).

Далее, в этом же файле вверху находим расположение базы данных (параметр datadir, например, C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.5/Data/ ) и по этому пути файлы ib_logfile0 и ib_logfile1 (оба файла не имею расширения). Эти файлы следует переместить в другую директорию (или переименовать), после чего попробовать вновь запустить службу MySQL.