После установки MySQL и сервера и создания базы данных по умолчанию MySQL в InnoDB хранит данные и индексы всех таблиц в одном тейблспейсе — файле ibdata1. Расположение этого файла можно узнать, открыв файл my.ini (расположен в каталоге C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ ) и посмотрев значение параметра datadir (или в некоторых случаях innodb_data_home_dir): как правило, по умолчанию, путь к файлу C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.5/Data/ .

  Со временем этот файл становится очень большим и уменьшить его размер невозможно! Поэтому рекомендуется хранить данные по каждой таблице базы данных в своем отдельном файле: будут созданы по 2 файла для каждой таблицы, с расширением .frm и .ibd .

  Если система устанавливается с самого начала, то сразу после завершения конфигурирования MySQL следует остановить службу MySQL и открыть файл my.ini . В этом файле следует найти заголовок [mysqld] и ниже вставить строку innodb_file_per_table=1 . Выглядит это следующим образом:

  Затем сохранить изменения в файле и снова запустить службу.
После этого можно устанавливать само серверное приложение и создавать базу данных.

  Если сервер с базой данных уже работает, то сначала рекомендуется сделать резервную копию базы данных. Далее придется переместить (до завершения всех действий файлы удалять не рекомендуем) файл базы данных ibdata1 , каталог с названием базы данных, а также файлы ib_logfile0, ib_logfile1 и файл с расширением .err . Затем следует запустить MySQLInstanceConfig.exe (располагается в каталоге C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ ), выбрать "Remove Instance" и удалить конфигурацию СУБД.

  Затем повторно запускаем MySQLInstanceConfig.exe, проходим все шаги конфигурирования согласно руководству по установке сервера.
После завершения конфигурации MySQL останавливаем службу MySQL и добавляем в файл my.ini параметр innodb_file_per_table=1

  Запускаем службу MySQL и восстанавливаем базу из резервной копии.